Questa scelta dipende da una serie di fattori che chiamano in causa la digeribilità, l'igiene e anche il gusto degli alimenti. Indubbiamente la cottura migliora la palatabilità degli alimenti che risultano più gradevoli e quindi in definitiva più appetibili. Il calore, ad esempio, ammorbidendo il cibo lo rende più masticabile e quindi più digeribile. La cottura rende più gradevoli i cibi anche sotto l'aspetto meramente visivo.
In effetti non si può disconoscere che la cottura dei cibi ha permesso all'uomo di ottenere molti vantaggi: uno di questi è senz'altro rappresentato dal fatto che la cottura in alcuni casi è necessaria per rendere gli alimenti commestibili, in quanto soprattutto se sono di origine animale e quindi carne pesce ma anche uova, cuocendoli è possibile eliminare microrganismi, batteri o parassisti, che potrebbero rappresentare un pericolo per la salute umana, ad esempio dare luogo a tossinfezioni alimentari. In questo senso alimenti poco cotti come le bistecche al sangue o le uova sarebbero da evitare dalle donne in gravidanza e in allattamento, bambini, anziani o nel caso di chi abbia una compromissione del sistema immunitario.
In particolare per quanto riguarda la carne rossa non bisogna tuttavia esagerare con la cottura per evitare che si formino delle sostanze nocive per l'organismo se si carbonizza la superficie. Nel caso del latte se si acquista quello pastorizzato (Uht) non bisogna consumarlo previa bollittura che invece è necessaria se lo si compra crudo. Anche il pesce è preferibile consumarlo cotto, ma se si amano alcune specialità culinarie ad esempio il sushi, consumatelo in alcune ristoranti specializzati per evitare di incorrere in qualche contaminazione batterica. In altri casi invece la scelta è dettata da motivi di gusto o perché i cibi cotti sono più facili da digerire.
Inoltre vi sono alcuni alimenti che traggono anche un vantaggio dalla cottura per quanto attiene alle proprietà nutritive, basti pensare al pomodoro la cui cottura aumenta la biodisponibilità di importanti antiossidanti, in particolare del licopene, che in questo modo viene utilizzato con più facilità da parte dell'organismo. La vitamina C invece si perde con la cottura, ma in ogni caso l'alimento che più ci fornisce questa vitamina è la frutta che viene consumata quasi sempre cruda. Lo stesso discorso dei pomodori può applicarsi ai peperoni, specie quelli rossi. Se cotti beneficiate della maggiore assorbilità degli antiossidanti, meglio invece consumarli crudi per assorbire al meglio le vitamine, in quanto sono più digeribili. Le carote, se cotte, rendono più semplice l'assunzione del betacarotene, se crude ci forniscono un ottimo apporto di vitamina C e condite con un filo d'olio ci permettono di assorbire al meglio la vitamina A.
Spinaci e asparagi sono un altro alimento le cui proprietà traggono vantaggio dalla cottura. La cottura infatti favorisce un maggiore assorbimento degli importanti minerali che contengono, in particolare ferro, calcio e magnesio.
I broccoli invece sono un alimento che può consumarsi sia crudo che cotto. Crudi hanno un enzima utile a depurare il fegato che si perde con la cottura, cotti liberano una sostanza nota come indolo-3-carbinolo, che aiuta a combattere le cellule che possono trasformarsi in cancerogene.
Anche per quanto riguarda i funghi è decisamente meglio consumarli cotti, in quanto le nutrienti e salutari sostanze che contengono (antiossidanti, fibre vegetali, potassio, sali minerali, vitamina B) risultano più facilmente assorbibili mediante la cottura.
Cozze e vongole vanno consumate previa cottura. Filtrano in continuazione l'acqua del mare, per cui se questa è inquinata lo sono anche i mitili. Una goccia di limone non ha nessuna efficacia contro gli eventuali germi presenti.
L'aglio invece è un alimento che sarebbe meglio consumare crudo perché soltanto in questa modalità esplica tutti i suoi effetti benefici per la salute. Contiene infatti l'allicina che ha proprietà antimicrobiche che si perdono in caso di cottura. In particolare viene considerato una sorta di antibiotico naturale, è efficace anche contro l'ipertensione, a patto come detto, di consumarlo crudo, perchè se cotto perde gran parte delle sue proprietà.
Per quanto riguarda invece la cottura di patate e di altri alimenti amidacei bisogna evitare che abbruniscano perché altrimenti durante la cottura ad elevate temperature si forma l'acrilammide, un composto tossico per l'organismo.
